Se considera que existen alteraciones en la calidad del semen cuando los parámetros evaluados son inferiores a los valores de referencia de la Organización Mundial de la Salud (OMS) .

Alteraciones cromosómicas.

Las anomalías cromosómicas en los gametos de estos individuos pueden tener dos orígenes. Por un lado pueden ser debidas a la segregación no equilibrada de los cromosomas implicados en la translocación durante el proceso de la meiosis, la formación de los gametos. En el caso de este tipo de reorganizaciones, los cromosomas deben formar una estructura llamada cuadrivalente para poder aparear las regiones homólogas de todos los cromosomas. El reparto de los cromosomas que forman esta estructura a las células hijas resultantes se puede dar según 5 modos de segregación diferentes. De todas las opciones, sólo una, la alternante, dará lugar gametos normales o equilibrados. El resto de segregaciones darán lugar a gametos con anomalías cromosómicas estructurales. Por otro lado, la presencia de los cromosomas translocados puede provocar un fenómeno de interferencia en la segregación de otros cromosomas no involucrados en la translocación. Es lo que se conoce como efecto intercromosómico (ICE) y puede generar gametos con anomalías cromosómicas numéricas.  

Alteraciones morfológicas del espermatozoide.

Cabeza: Puede presentar cabeza grande, pequeña, pequeña elongada, periforme, amorfa vacuolada, doble elongado o periforme, o cualquiera combinación entre estas opciones. La mayoría de las deformaciones en la cabeza es por un mal desarrollo en el acrosoma y la globozoospermia.

Pieza Media: Puede estar doblado, formas irregulares, quebrada, delgada, ausencia de vainas mitocondriales, muy gruesa, con presencia de gotas citoplasmáticas.

Otras anomalías en el semen.

1. Oligozoospermia u oligospermia: Se diagnostica cuando el recuento de espermatozoides es menor a 15 millones/ml de eyaculado.
2. Atenospermia: Se sabe que la movilidad espermática se puede ver afectada por varios factores
3. Teratozoospermia: O teratospermia es el aumento de espermatozoides anormales en el semen del hombre. 
   
4. Criptozoospermia: actualmente se define en muestras en cuyo análisis inicial no se observan espermatozoides aunque sí se aprecian algunos tras la centrifugación. Antes se definía como la presencia de menos de 100.000 espermatozoides/ml.
5. Azoospermia: Ocurre cuando no vemos ningún espermatozoide en el eyaculado.
6. Hipospermia: Se indica cuando el volumen de esperma es menor a 1.5 ml.
7. Necrospermia: Se trata de una alteración de la vitalidad espermática diagnosticada cuando más del 58% de los espermatozoides están muertos.
8. Aspermia: Es la ausencia de eyaculado.
9. Leucospermia o Piospermia: Se determina cuando vemos más de 1 millón de leucocitos/ml de semen eyaculado.